ما هو ملف فهرس BAM؟

2024 مؤلف: Lynn Donovan | [email protected]. آخر تعديل: 2023-12-15 23:43

أ ملف BAM (. بام ) هو الإصدار الثنائي من SAM ملف . سام ملف (. sam) نص محدد بعلامات جدولة ملف الذي يحتوي على بيانات محاذاة التسلسل. الفهرسة : IGV يتطلب أن كلا من SAM و ملفات BAM يتم فرزها حسب الموضع و مفهرسة ، وأن ملفات الفهرس اتبع اصطلاح تسمية محدد.

وبالمثل ، يسأل الناس ، كيف يمكنني فتح ملف BAM؟

من ملف اختر القائمة افتح واختر ملفات BAM من الجانب الأيسر. حدد الزر الموجود على اليمين والذي يشير إلى إضافة ملف ملف BAM . انتقل إلى بام اختبار الملفات المجلد الذي قمت بتنزيله حدد with_index_with_graph. انقر افتح ، حدد mapt.

ثانيًا ، كيف يمكنني تحويل ملف BAM إلى Fastq؟ فيما يلي خطوات تحويل ملف BAM إلى تنسيق FASTQ. سيعمل هذا على Linux وسيتطلب SAMTOOLS و BEDTOOLS

1. تنزيل SAMTOOLS.
2. استخراج باستخدام الأمر tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
3. سيقوم بإنشاء مجلد بالاسم samtools-version.
4. انتقل إلى الدليل cd samtools-version.

وبالمثل ، كيف يمكنني تحويل ملف BAM إلى ملف SAM؟

إلى تحويل SAM إلى بام ، نستخدم الأمر samtools view. يجب أن نحدد أن مدخلاتنا في تنسيق SAM (بشكل افتراضي يتوقع بام ) باستخدام الخيار -S. يجب أن نقول أيضًا أننا نريد أن يكون الناتج بام (بشكل افتراضي ينتج بام ) مع الخيار -b.

ماذا يفعل Samtools view؟

سامتولس هي مجموعة من الأدوات المساعدة التي تتعامل مع المحاذاة بتنسيق BAM. يستورد من ويصدر إلى تنسيق SAM (محاذاة التسلسل / الخريطة) ، هل الفرز والدمج والفهرسة ، ويسمح باسترداد القراءات في أي منطقة بسرعة. سامتولس تم تصميمه للعمل على دفق.